税收政策作为创新政策的重要组成部分，并不是万能的。但税收政策可以通过影响创新主体与要素参与创新活动的成本与收益，在更大范围内影响创新行为。因此，未来税收政策的制定既要符合税制改革方向，还要适应新时代科技创新的发展特点。

　　（一）处理好税收政策与财政政策的关系：应以互补为主，必要时叠加 

　　科技创新税收政策很多都是税收优惠，从支出角度属于税式支出，与财政资金的直接支出可形成互补、替换和叠加三种关系。但总体看，财政政策可直接分配科技创新资源，更适用于直接供给基础研究、公益研究或者战略目标明确的（准）公共科技产品，比如针对特定技术或工程的科技攻关任务；税收政策则可利用市场机制协调创新资源，更适用于私人科技产品（服务）供给和一般性创新活动。因此，两者之间的互补关系既有助于外部性较强、风险性较大的创新活动，也有助于创新广度不断提升下的一般性创新活动。但在市场失灵非常严重时，两者也可叠加形成政策组合，比如国际实践中常常出现的针对基础研究、产学研合作、中小企业技术创新等。 

　　（二）处理好基本税制与税收优惠之间的关系：有利于科技创新的基本税制是根本，税收优惠是补充 

　　税收优惠会增加税制的复杂性、不确定性、不公平性以及征纳双方的税收成本。在科技创新活动复杂多样的新时代，相关税收优惠的复杂性和税收成本通常更高。因此，长期看，建立有利于科技创新的基本税制应成为未来税制改革的重要目标。美国是世界科技头号强国，直接针对科技创新的税收优惠仅有研发税收抵免一项，且该优惠仅针对研发投入增量，优惠力度在世界上处于偏下水平；但美国基本税制多方面支持中小企业和非营利组织、激励长期股权投资和固定资产投资、商品课税在消费环节等，这些都有利于新时代的科技创新和新兴产业发展。 

　　（三）处理好税收优惠政策着力点是创新主体还是创新行为的关系：对创新行为给予普惠更有利于科技创新的长期发展 

　　科技创新的发展要求税收优惠政策提高精准性和普惠性。一般而言，创新主体通过创新要素组合从事创新行为，进而取得创新成果和收益，因此直接针对创新行为的税收政策精准性、普惠性和政策效率往往更高，即只要创新行为符合条件就可以享受税收优惠，不论何种创新主体以何种方式组织创新要素。此外，基于选择性创新主体的税收政策往往带来不公平、征纳成本上升、政策落后于实践等问题。因此，国际上也多是基于研发行为、风险投资行为、技术转让或应用行为、节能产品消费行为等创新行为给予税收激励。 

　　（四）处理好税收优惠功能是普惠还是特惠的关系：普惠是基础，特惠是补充 

　　科技创新的发展需要税收优惠更多发挥普惠性功能，但其与特惠性功能的发挥并不完全矛盾。在普惠性基础上的特惠性优惠有助于精准性政策目标的实现，比如很多国家对研发行为给予普惠性优惠，并在此基础上对中小企业研发、产学研合作等给予更大优惠力度的特惠性优惠。从本质上看，这种特惠性优惠仍然是一种普惠，有助于税收优惠政策的整合、执行与落实。相反，针对行业、技术领域和特定企业群体的选择性特惠优惠从本质上不具备普惠性。 

　　（五）处理好税收优惠政策制定、服务、管理与评估的关系：相互配合才能提高政策效果 

　　税收优惠政策效果的有效发挥不仅与优惠方式、优惠力度、优惠对象等相关，还与纳税服务、征管流程、管理制度、政策评估与应用等密切相关。税收政策中涉及科技创新的优惠政策往往更加复杂，更需要各政策要素与环节相互配合，这也是科技创新发展对政策精细化和精准化提出的要求。比如，美国、英国等很多国家对非营利组织给予多种税收减免优惠，但这种减免税资格在获得后都将面临严格的监督管理与惩罚制度，以确保精准政策目标的实现。