（一）现行相关政策梳理
我国多年来以结构性减税推进税制优化，近几年又加快了税制改革步伐，科技创新成为最受益的领域之一。其中，支持科技创新的一系列税收优惠政策相继发布实施，基本覆盖了主要创新主体和创新链主要环节。
1.鼓励技术创新企业的税收优惠政策。主要包括支持高新技术企业、集成电路企业、软件企业、技术先进型企业、动漫企业等科技型企业发展的企业所得税税率优惠，对科技型中小企业延长亏损结转年限。
2.激励技术创新活动的税收优惠政策。主要包括鼓励研发投入的研发费用加计扣除优惠，促进技术交易的增值税免税（非企业单位可选择简易征收）与企业所得税减免优惠，支持科技成果转移转化的技术入股递延纳税优惠等。
3.引导科技创新投资的税收优惠政策。主要包括针对各类投资主体的创业投资与天使投资的70%在企业所得税或个人所得税税前扣除优惠，符合条件的研发用仪器设备一次性摊销或加速折旧优惠，高校院所进口国内不能生产或性能不能满足需要的研发用品进口税收免增值税和关税。
4.奖励科技创新人才的税收优惠政策。主要包括对非营利性科研机构、高校等单位的科技人员因职务科技成果而获得的现金奖励减半计征个人所得税，非上市企业对科技人员的股权激励个人所得税递延纳税等。
5.支持孵化服务的税收优惠政策。主要是对符合条件的科技企业孵化器、大学科技园和众创空间为孵化企业提供的房产和土地免征房产税和城镇土地使用税，孵化服务收入免征增值税。
（二）若干难点和不足
相比较更加快速发展与变化的科技创新和新兴产业，我国现行税收政策仍然不足以应对，在适应、激励和引导科技创新方面还存在一些不足，不利于我国迎接新时代的科技创新挑战。
1.财政政策与税收政策在某些重要方面搭配不当。两者对中小企业技术创新都缺乏直接支持。一方面，2018年，我国对科技型中小企业研发费用75%的特惠性加计扣除优惠扩大至所有企业。另一方面，中小企业技术创新获得财政资助的范围也大幅缩水。2015年国家科技计划整合，“科技型中小企业创新基金”并入新成立的“国家中小企业发展基金”，对中小企业技术创新的支持方式也由无偿资助转变为引导社会资本参与的股权投资。但引导基金方式大幅缩小了支持范围。据公开资料显示，国家中小企业发展基金已有4只子基金，认缴总规模195亿元，共完成投资项目222个，但与科技型中小企业创新基金年度支持6400个项目相比差距很大。相反，美国、英国、法国、加拿大、日本、澳大利亚等很多国家都对中小企业技术创新给予特惠性的研发税收优惠，包括优惠力度更大、可获得税收返还等。比如英国小企业研发费用允许130%的加计扣除，且不足抵扣部分在一定比例内可获得税收返还；大企业研发税收抵免率为11%，核算为加计扣除比例约55%，无税收返还。日本对资本额或出资金额在1亿日元以下的中小企业研发支出给予12%~17%不等的税收抵免率；大企业抵免率为10%。加拿大对小企业研发支出的抵免率是35%，且不足抵免部分可获得一定比例的税收返还；大企业的抵免率则为20%，无税收返还。美国允许年收入不超过500万美元的小企业将研发税收抵免额用于抵免企业为员工代扣代缴的工薪税，年度抵免上限为25万美元。同时很多国家还对中小企业技术创新给予无偿资助，如美国小企业创新研究计划（Small Business Innovation Research，SBIR）、英国小企业研究与技术奖励计划（Small Firms Merit Award for Research and Technology，SMART）等。
财政政策在引导社会资金增加基础研究投入与产学研深度合作方面未有明显突破，税收政策也缺乏足够支持。如前文所述，我国面临基础研究社会投入严重不足和产学研合作缺乏深度的重大挑战。一方面，财政政策主要通过自然科学基金、企业联合高校院所承担政府科技计划项目等传统方式给予支持，但是对社会资金的撬动作用不强，联合承担的形式痕迹明显、研发资源与合作仍然处于割裂状态。另一方面，现有税收优惠政策对基础研究投入和产学研合作未有直接支持。比较而言，法国、美国、英国、澳大利亚等很多国家都对产学研合作和基础研究给予税收激励。比如，法国允许一般外包研发费用100%计入抵免额基数；但如果企业将研发项目转包给与其没有依存关系的公立研发组织、有权授予硕士以上学位的高等教育机构、科技合作基金、科研公立机构、经认证投资于研究领域的公共基金等，研发支出按实际发生额的200%计入抵免额基数。美国一般外包研发费用65%计入抵免额基数；但对于企业支付给合格研究团体的外部研究费用，可75%计入抵免额基数；支付给合格小企业、大学或州立实验室的外部研究费用，可100%计入抵免额基数；基础研究增量与能源研究总量可享受特别抵免，抵免比例20%。
2.我国基本税制某些方面不利于科技创新。个人所得税税制不利于激励天使投资人和高端科技人才。第一，我国现行个人所得税税制并不适应天使投资特点。个人是天使投资（股权众筹）的主要组成，投资所得主要是股权转让所得，投资项目多、期限长、风险高。但在现行税制下，不论持股时间长短，股权转让所得都适用20%税率。某一投资损失不能抵扣其他投资所得，亏损也不能向后结转。但在很多国家实施的资本利得税制下，长期资本利得适用较低的个人所得税税率。某一长期资本亏损可在限额内抵扣当年的全部长期资本利得，不足抵扣部分还可在以后年度结转扣除。为支持天使投资，我国相关税收优惠也给予天使投资个人合格投资额70%税前扣除的税收优惠，但扣除要求过于严格，导致鲜有个人享受优惠。第二，我国工资薪金所得适用的最高边际税率高达45%，远远高于其他类型所得适用的税率，在世界上也属于较高水平。这不仅不利于鼓励劳动和支持高端人才，而且大幅增加了高科技企业的人力成本。
合伙企业所得税制不利于支持合伙创业投资个人合伙人。在我国现行合伙企业所得税制下，合伙企业计算应纳税所得额，投资所得和损失无法按照流经原则“穿透”至合伙人；个人合伙人视为个体工商户适用边际税率最高为35%的生产经营个人所得税。但是有限合伙个人在本质上是股权投资者而非生产经营者，投资收益却不能适用20%的税率。为规范相关税收政策，我国允许合伙创业投资企业每3年可从“单一投资基金核算”和“年度所得整体核算”中选择其一，选择前者的个人投资者适用20%的税率，后者仍适用个体工商户税率。这虽然在一定程度上缓解了上述税负不公问题，但单一投资基金核算在成本扣除、亏损结转方面有严格限制，并未从根本上解决我国资本利得税制缺失对风险投资带来的不利影响，且大幅增加了税制复杂性、征纳成本和税收不确定性。反观风险投资发达的美国、英国，合伙企业的各类所得和费用都可以按照流经原则直接分配给合伙人，再由合伙人进行税收核算和申报，股权转让所得可独立出来适用较优惠的资本利得税税率。
非营利组织所得税优惠不利于科研类非营利组织发展与技术转移转化。我国非营利组织仅能就其捐赠、政府补助、会费和存款利息收入免缴企业所得税，从事科研服务类经营活动（如横向课题、技术合同）产生的收入则正常纳税。但是科研类非营利组织有偿提供技术开发、技术转让、技术咨询、技术服务等科研服务，既是支撑其长期生存发展的重要基础，也是实现其公益性目标、促进技术转移转化的重要途径。相比而言，很多国家非营利组织的免税收入范围较广且可享受的税收优惠较多。比如，美国按照非营利组织经营活动与其组织目标和宗旨相关与否，将非营利组织经营性活动划分为相关和无关两类，其中相关经营活动所得免征企业所得税。此外，美国非营利组织还可享受财产税、销售税和联邦失业税等免税优惠。
增值税制度不利于科技创新与新兴产业发展。我国现行增值税制度主要参照欧洲，通过以票控税的征管模式在每一个生产和经营环节实现“道道征，道道抵扣”。这种传统的增值税制度起源于大工业经济时代，适应工业经济以机器、原料和产业分工为基础的传统生产方式。但在数字经济时代，人力资本、知识资本、数据资本成为价值创造的新要素，产业链条缩短、产业融合加强，生产方式和组织方式多样化。新的生产要素无法视为进项获得进项扣除，从而加重知识密集型产业和企业的税收负担。事实上，国际上实行的增值税模式多样，除了欧洲传统模式，澳大利亚商品和劳务税模式、日本消费税模式都比较有特点，税率较低、复杂性下降。美国则一直仅在最终消费环节实行零售商品销售税，而非增值税。
3.创新主体特惠性优惠的精准性与创新行为普惠性优惠的公平性有待进一步提高。针对特定行业或企业群体的选择性税率优惠过多，部分政策目标精准性不高。如前文所述，我国对特定高新技术行业或技术领域给予多种企业所得税税率优惠，这种针对创新主体的选择性特惠在政策精准性方面有一定劣势。因此，此类政策的优惠条件和对象必须更加聚焦，但我国此类政策有的已偏离政策初衷，优惠对象范围过大。比如，高新技术企业的政策初衷是支持具有核心知识产权、持续研发投入的快速成长企业，因此较小和较大规模的企业占比不应过高。但据统计数据显示，2017年营业收入大于10亿元和小于2000万元的高新技术企业占比分别达到4%和40%，享受的高新技术企业所得税减免额占全国比重分别达到57.61%和0.94%。此外，高新技术企业税率优惠针对的是企业全部所得而非核心知识产权或研发相关所得。国际上并未发现与我国高新技术企业完全一致的税收优惠，虽然从优惠内容、目标和方式看，欧洲专利盒政策较为相似，但其优惠仅针对知识产权收入，这有助于政策精准性的提升。
部分普惠性税收优惠尚存待普惠地带。主要包括：研发费用加计扣除存在享受优惠的行业负面清单，但研发活动实际上发生在各行各业，国际上看，尚未发现有国家设置研发税收优惠行业的负面清单，韩国、印度、南非等少数国家规定了享受优惠或者给予加强优惠的正面行业清单；间接持股平台无法适用非上市企业股权激励递延纳税，但在实践中，很多企业出于股权管理、融资、工商登记变更等需要，成立有限合伙制的间接持股平台，代激励对象持股；母基金不适用创业投资和天使投资优惠，因母基金不直接投资项目，有限合伙制母基金也无法成为有限合伙制子基金的法人合伙人，因此无法适用现行优惠；技术转让所得税优惠仅适用企业纳税人，个人没有相似优惠，而美国、法国等国家将个人技术转让所得视为资本利得适用优惠税率，德国对个人技术转让所得给予免税优惠。
4.科技创新税收政策有待进一步加强服务、管理与评估。研发项目鉴定无法提前预判，企业涉税风险增加。企业研发项目是否属于研发，是其享受研发税收优惠的第一道门槛。我国企业所得税优惠目前采用“自行判别、申报享受、相关资料留存备查”的办理方式，很多企业特别是服务业企业，对研发项目把握不清或者没有能力判断清楚，一旦判断失误后续税务风险较大。因此，部分企业出于谨慎性考虑，主动放弃申请优惠或者减少申请的研发项目。国际上多数国家对研发项目设置了前置审核环节，巴西、印度、日本、南非等国家要求研发项目必须前置审核。在申请享受研发税收优惠之前，日本企业必须就其研发项目上报“经济、贸易和工业部”审批，巴西企业研发项目必须经过“科学和技术创新部”审批，南非企业研发项目则必须经过由科技部和税务局有关人员组成的评审委员会审核。法国、澳大利亚、新加坡等国家允许企业自愿选择是否前置审核。法国设有先行审批制度，在自愿前提下，企业在研发项目启动前就可向法国高教科研部提出鉴定申请；澳大利亚设有事前技术先进性裁定制度，企业可就其正在开展的研发项目向澳大利亚“创新与科学委员会”的“工业、创新与科学司”申请裁定；新加坡税务局成立了“技术咨询委员会”，企业在提交优惠申请资料时可主动要求将其研发项目转交技术咨询委员会鉴定。
创业投资企业备案难。我国创业投资企业必须按规定完成备案才可以享受投资额税前扣除优惠，备案要求虽有利于税务部门操作，但本质相当于实质性审批。据调研，民营创业投资企业常因注册或管理资本总量太少、投资人或管理人员人数太少、经营场所不正规或办公区域太小、未建立风险防控、信息披露制度不完善等无法完成备案。
“公益性税前扣除捐赠资格”与非营利组织“免税资格”并不统一。我国捐赠者若享受税收优惠，捐赠对象必须在各级民政部门公布的“公益性税前扣除捐赠资格”名单内。但民政部门公布的单位基本都是基金会，接受社会捐赠的科研类非营利组织基本不在其列。但在美国等国家，非营利组织只要取得“免税资格”，其捐赠者就可享受税前扣除等捐赠税收优惠。
部门数据和信息不能共享，税收政策缺乏系统性评估。国际上，美国、英国、日本、韩国等很多国家都在不同程度上建立了税式支出预算，科技创新税收优惠产生的税式支出会不同程度地公开；重要税收优惠政策的系统评估也定期开展，有的还会向社会公开；评估结果则推动了这些国家研发税收优惠政策的不断完善，美国、英国等国家的现行研发税收优惠都经历了10次以上的修订。
5.科技创新税收优惠政策之间缺乏有效的协调配合。部分政策对象重叠，影响政策效果。我国实施了很多针对特定高新技术行业和高新技术领域的企业所得税税率优惠，两类政策目标存在高度重叠，受惠的高新技术领域在很大程度上可以涵盖受惠的高新技术行业，不利于政策效果的有效发挥。此外，此类政策基本都是选择性的“门槛式”税率优惠，征管成本、税收成本都较为高昂。
部分政策优惠方式冲突，影响政策效果。研发费用加计扣除是税基式优惠，税收优惠额度受企业所得税税率影响，税率越高，优惠额度越高。我国企业所得税税率优惠众多，相比较25%的普通税率，享受优惠税率的企业从研发费用加计扣除中获得的税收优惠额度较少，优惠政策的激励效果将打折扣。在世界企业所得税税率不断下调的大背景下，为避免税率波动对研发税收优惠效果的影响，美国、法国、加拿大、英国、日本、韩国等大多数国家都采用了研发税收抵免的优惠方式。
普惠性优惠基础上的特惠政策应用不足，不利于多重政策目标的实现。我国目前仅是在行业性固定资产加速折旧优惠中针对小微企业设有特别优惠。但对于某些重要的精准性政策目标，在普惠基础上给予特惠是重要选择。以世界上广泛实施的研发税收优惠为例，除了针对中小企业、产学研合作和基础研究的特惠外，很多国家还探索了其他方面的特惠。比如韩国对属于新经济增长引擎的技术领域企业给予特惠，日本对研发投入增速较高的企业给予特惠。日本企业研发投入增加5%可享受9%的研发税收抵免，增加约22%可享受14%的研发税收抵免。日本、韩国等国家的研发税收优惠采用研发投入总量与增量优惠相结合的优惠方式，以提高政策边际效果。
