完善有利于科技创新的税收政策绝非一日之功，需要进一步研究与探索，逐步推进。 

　　（一）改革基本税制 

　　1.加快个人所得税税制改革，降低工资薪金最高边际税率，对资本利得分类征收。一方面，未来个人所得税税制改革应加大收入分配调节力度，对劳动所得轻税，将工资薪金最高边际税率降至35%；另一方面，加快个人所得税的综合征收改革步伐，但对资本利得分类征收，且允许按年度综合纳税，长期资本利得可适用较低税率，资本损失可抵扣资本利得。 

　　2.合伙企业所得税制允许投资所得与损失按照流经原则“穿透”至合伙人，由合伙人核算相应的应纳税所得额。适时加快合伙企业所得税制的改革和细化，伴随个人纳税人在经济活动中地位的不断上升以及个人所得税税制改革的深入，合伙企业不再作为应纳税所得额的核算主体，而是成为真正的“穿透实体”。 

　　3.改革现行增值税制，征税环节向消费终端转移。短期来看，简并增值税税率至两档，标准税率10%左右，低档税率维持6%。长期来看，以最终消费环节的消费税取代增值税，或将增值税征税环节由生产和经营环节向消费终端环节转移。目的是使征税对象不再集中在企业，而是个人；征税环节不再集中在生产和流通，而是分配和消费。 

　　（二）探索税式支出预算管理制度，完善政策管理与评估 

　　1.探索建立针对科技创新税收优惠政策的税式支出预算管理制度。可以激励科技创新的重点税收优惠政策为税式支出对象先行先试，在精准掌握优惠规模的基础上，实施政策评估，统筹科技财政总支出，为政策决策的精准性和法治化奠定基础。 

　　2.完善政策管理与评估，促进政策落实与完善。赋予企业研发项目提前鉴定的选择权，消除企业相关涉税风险；根据创业投资的特点，建立单独的创业投资企业备案制度；对科研类非营利组织建立单独的监管机制，允许科研类非营利组织获得“免税资格”后自动获得“公益性税前扣除捐赠资格”；相关部门建立数据和信息共享机制，定期将重点政策逐一开展深入、全面评估，评估成果共享并作为未来政策完善的重要依据。 

　　（三）优化税收优惠政策布局，探索高新技术企业发展新思路 

　　1.扩大普惠性优惠范围，对所有创新行为形成激励。取消研发税收优惠的行业负面清单；允许有限合伙制创业投资基金的合格投资额抵扣“穿透”至其有限合伙制母基金的法人和个人合伙人，但仅允许“穿透”一次，以使母基金享受现行创业投资税收优惠；允许非上市公司间接持股平台合伙人或股东享受股权激励递延纳税优惠；个人技术转让所得给予减免税优惠。 

　　2.对确需支持的创新主体的创新行为给予特惠性优惠。对中小企业技术创新给予特惠或补助，在研发费用加计扣除优惠中，对中小企业给予更大的优惠力度，允许不足扣除部分可获得税收返还或相当数额的直接财政补助；科研类非营利研发组织的科研相关经营所得免征企业所得税，包括有偿提供技术开发、技术转让、技术服务与技术咨询以及横向课题等科技服务活动所得可以获得免税优惠。 

　　3.整合针对高新技术行业和高新技术领域的选择性特惠性优惠。笔者认为有两种优化思路：一是将行业性税率优惠整合进高新技术企业税率优惠；确需支持的重点行业建议更多采用行业性投资基金或引导基金方式给予支持，避免有违WTO专项补贴之嫌。二是取消所有选择性税率优惠，对于确需支持的行业或技术领域，在研发税收优惠中给予更大优惠力度，同时也可给予相应的投资基金支持。确需税率优惠支持的行业，建议设置优惠上限和（或）优惠期限上限，优惠对象可向新产品所得聚焦。具体方案的选择还需视企业所得税基本税率是否下调，国际税收规则变化、我国财政政策变化等因素综合考量。 

　　4.调整和优化高新技术企业政策，提高政策精准性。若保留高新技术企业税率优惠，必须对优惠对象增加限制。笔者认为有两种优化思路：一是不允许大规模和小规模企业申请和享受该优惠，享受优惠的所得范围缩小至“高新技术产品所得”。二是结合技术转让的企业所得税优惠，合并成“专利盒”优惠。 

　　5.探索研发税收抵免的优惠方式，避免税率变化带来的优惠不确定性和激励效果的减弱。企业所得税的一般税率越低、税率优惠越多或者税率变化越频繁，企业在加计扣除优惠方式下可获得的税收优惠额度越低，或者不能提前确定优惠额度的可能性越大；相反，税收抵免不会使企业面对上述问题。 

　　（四）对重点创新行为灵活用好特惠性优惠，突出政策导向 

　　1.对研发投入增量给予更大优惠。《中共中央国务院关于营造更好发展环境支持民营企业改革发展的意见》明确提出加大研发费用加计扣除力度。但我国75%的加计扣除比例已经处于世界中等偏上的优惠水平，这种优惠力度并不是越高越好，政策边际效果很可能是下降的。因此，加大研发费用加计扣除比例建议增加条件，比如仅对研发费用增量给予更大的加计扣除比例。 

　　2.对科学研究和产学研合作支出给予更大优惠。科学研究投入的界定在较难操作的情况下，建议选择较为明确或较为接近的研发投入替代。因此，以下研发支出可在研发税收优惠中获得特别优惠：企业委托高校院所或与之合作的研发支出；企业与高校院所共建科学实验室的研发支出；企业参加国家科技计划项目的匹配资金投入；企业与自然科学基金委共建联合基金的资金投入；企业运营国家实验室的资金投入；等等。具体优惠形式包括：允许上述支出100%甚至更高比例计入可加计扣除范围，或者允许加大上述支出的加计扣除比例至100%甚至更高。 

　　3.对科学捐赠给予更大优惠。对专注科学研究的公募基金会、非公募基金会“研究基金”以及科研类非营利研发组织的现金捐赠，允许提高税前扣除比例，甚至允许税前据实扣除，个人和企业捐赠者的不足扣除部分延长结转年限。同时，进一步简化申报和获得捐赠证明的程序。上述享受税收优惠的基金会由科技部门与民政部门联合确定，且与科研类非营利组织共同接受相关部门更加严格的监督审查。