70多年来，环境财税政策从无到有，逐步发展演化，截至目前已形成种类齐全、内容丰富的政策体系，但当前我国生态环境问题依旧很严峻、污染防治攻坚任务艰巨，制定实施的一些财税政策措施还有一定的不足，具体体现在以下几个方面。

　　生态环境财政支出力度和支出效率有待进一步加强 

　　近年来财政生态环境支出绝对值不断增加，但这也是我国总体经济水平不断提高的一个结果，从相对水平看，并未实现大幅度增长。以中央财政为例，2010—2018年中央生态环境转移支付占转移支付总额的比例为4.6%～6.4%，但整体呈下降趋势，从2010年的6.4%下降至2018年的4.8%，未随着中央转移支付力度的加大同步增大支出规模。我国环境保护本来就历史欠账多，加上新的环境问题的不断涌现，目前财政投入总量与环境治理资金需求之间仍有很大差距。另外，长期以来，财政生态环境资金重投资、轻效益的项目实施与管理方式，导致许多项目虽然有固定资产形成，但后期运行维护资金缺乏，不能有效发挥投资效益。不少地方为争取财政资金只重项目立项建设，轻项目投产运行，造成环保设施建好后的实际使用率很低，造成资金浪费，拉低资金使用效益。 

　　生态环境事权与支出责任相适应的制度尚不明确 

　　由于我国目前实行的是分税制财政管理体制，各级财政的支出范围按照中央与地方政府的事权划分，因而生态环境财政投入也是由中央财政和地方财政分别给予支持。为了引导地方加大地方环境保护，中央层面设立大气污染防治、水污染防治专项、土壤污染防治等覆盖各环境要素的治理资金，通过转移支付方式给予地方支持，但中央财政支持事项多以补助地方为主，承担的环境事权相对较少。另外，根据《中华人民共和国环境保护法》，当前环境管理体系奉行的是属地管理原则，即各级地方政府应对自己所管辖区内的环境质量负责，受地方保护主义干预，中央财政在面对跨区域、跨流域的治污需求时的调控能力较弱，在应承担环境事权的范畴内未有明确的政策措施。 

　　生态环境税收政策体系仍需健全 

　　《中华人民共和国环境保护税法》是在排污费的基础上通过“税负平移”所得到的，与排污费相比，其突出了税法的强制性和无偿性，具有更强的法律效力，执法更具规范性，但在征收主体、纳税主体、征收范围、征收管理等方面还存在着一些问题，有待进一步细化完善。一是环境税的征收主体为税务机关，而生态环境部门负责对污染物进行监测管理，主体责任不明确，导致税务部门在面对具体的污染行为时，缺乏有效的技术支持。二是环境税的纳税人是直接向环境排放应税污染物的企业事业单位和其他生产经营者，由此不难推出，不直接向环境排放污染物的以及自然人排放污染物的，都无须承担缴纳环境保护税的义务。三是即便在工业源污染物方面，应税污染物仅包括大气、水、固体废物和噪声四种污染物，只是平移了排污费的污染物范围，其他诸如二氧化碳等污染物并未计入征收范围。且环境税的税率较低，导致缴纳环境保护税比控制生产、节能减排的成本更低，未能真正约束企业合法合规排污。四是一些涉及环境保护的税收优惠政策尽管种类多，但内容复杂、不易掌握。仅企业所得税优惠就包括税前扣除、减免和减半征收等形式，每项优惠措施的对象和适用情形都不同，容易导致企业所得税抵扣链条断裂、征管漏洞增多和成本增加等问题。一些需要长期执行的优惠政策没有在税法中明确列出，只是以部门规章或者临时性的政策规定方式出台，并且缺乏实施力强的详细细则，更增加了企业缴纳和税收部门征收的难度。